Zgodba sledi eksplozivnemu obračunu “Godzila proti Kongu” s povsem novo pustolovščino, v kateri se vsemogočni Kong in strašna Godzila soočita z velikansko neodkrito grožnjo, skrito v našem svetu, ki ogroža njun obstoj – in našega. Godzila in Kong: Novi imperij se še bolj temeljito poglobi v zgodovino titanov in njihovega izvora ter skrivnosti Otoka lobanj, hkrati pa odkriva mitično bitko, ki je pomagala oblikovati ta izjemna bitja in jih za vedno povezala s človeštvom.